Offre de stage : Intégration logicielle pour la reconstruction 3D des voies biliaires

Sujet : Intégration logicielle pour la reconstruction 3D des voies biliaires

Laboratoire/équipe : UMR CNRS 7338 Bio­mé­canique et Bio­ingénierie – Équipe IFSB

Mots clés : Traite­ment d’images – inter­face util­isa­teur /clinicien – python – CPRE

La cholan­giopan­créatogra­phie rétro­grade par voie endo­scopique (CPRE) est une tech­nique endo­scopique com­plexe qui per­met de traiter les mal­adies lithi­asiques et tumorales des voies bil­i­aires. Pour faciliter la nav­i­ga­tion au sein de ces voies bil­i­aires, on peut recon­stru­ire l’arbre cor­re­spon­dant à par­tir d’images préopéra­toires de bili-IRM. L’endoscopiste a alors accès à l’anatomie pré­cise de son patient avant l’opération. Des travaux menés à BMBI ont per­mis de dévelop­per une méth­ode automa­tique de seg­men­ta­tion basée sur un mod­èle d’apprentissage pro­fond (U‑Net) et une appli­ca­tion per­me­t­tant de label­lis­er les branch­es de l’arbre 3D obtenu.
Le tra­vail à réalis­er s’inscrit dans ce cadre et con­sis­tera à dévelop­per une inter­face logi­cielle à des­ti­na­tion des médecins gas­tro-entéro­logues (hôpi­tal Saint-Antoine et hôpi­tal H. Mon­dor de l’AP-HP) qui leur per­me­tte d’utiliser de façon sim­ple et rapi­de les 2 appli­ca­tions citées ci-dessus. Le sta­giaire devra co-con­stru­ire cette inter­face avec les util­isa­teurs (ce qui néces­sit­era d’aller sur site
pour les ren­con­tr­er), tester et opti­miser le code des 2 appli­ca­tions avant leur inté­gra­tion. De bonnes capac­ités d’UX design et de pro­gram­ma­tion sont impor­tantes pour ce stage.
A. Essam­lali est en thèse sur ce sujet et par­ticipera à l’encadrement de ce travail.